1999-2002. Estudi de la dinàmica dels compostos organoclorats persistents en els sistemes aquàtics continentals. Responsable: J. Catalan.

2000-2002. Estudi hidrobiogeoquímic de les conques d'alta muntanya i de piemont. Implicacions mediambientals. Xarxa temàtica interregional en el marc de la Comunitat de Treball dels Pirineus. CIRIT. Responsables: J. Catalan i L. Camarero.

2001-2003. Assaig d'identificació, localització, cartografia a E. 1:10.000 i integració en un SIG dels hàbitats CORINE de Catalunya al Parc Nacional d'Aigüestortes i Estany de Sant Maurici (Coma del Muntanyó de Llacs. Parc Nacional d'Aigüestortes i Estany de Sant Maurici). Responsable: Empar Carrillo. 5.075 euros.

2001-2003. Mapa de vegetació de Catalunya 1:50.000. Aixecament dels fulls del MTN 444, 496, 521, 522, 523, 546 i 547. Departament de Medi Ambient de la Generalitat de Catalunya. Responsable: Empar Carrillo. Finançament: 72.121 euros.

2002-2005. Estudi funcional de les congesteres del Salicion herebaceae. Empar Carrillo i A. Lluent i Vallet.

2003-2005.Treballs de mostreig en diferents parcel·les forestals situades al massís de la Gelada (Senet), al Montlude i al pic d’Aubàs (Baix Aran) del projecte d’R+D Vulnerabilidad del paisaje supraforestal pirenaico frente al ascenso del límite superior del bosque. Empar Carrillo.

2003. Treballs de cartografia d’hàbitats encarregats pels Servicis d'Agricultura, Ramaderia e Miei Ambient del Conselh Generau a realitzar al Baix Aran. Empar Carrillo.

2002-2005. Estudi estructural, funcional i ecològic de la successió primària vegetal lligada al procés de rebliment dels estanys d’alta muntanya. Val d’Aran i a l’Alta Ribagorça. Tesi doctoral d’Aaron Pérez Haase. Empar Carrillo.

2001-2004. Evaluación de la peligrosidad y del riesgo geológico en zonas de montaña amenazadas por aludes y desprendimientos. Programa Nacional de Recursos Naturales. SEID - Secretaría de Estado de Educación, Universidades, Investigación y Desarrollo. REN2000-0518. Responsable: Joan Manuel Vilaplana. Finançament: 64.330,03 euros.

2001-2004. Grup de Riscos Naturals (RISKNAT). Ajuts a la recerca de grups consolidats CURE - Comissionat per a Universitats i Recerca. SGR2001-00081. Responsable: Joan Manuel Vilaplana. Finançament: 20.228 euros.

2001-2004. Los lagos de montaña como sistemas de observación del cambio climático y sus efectos sobre áreas de interés natural. Programa Nacional de Recursos Naturales. REN2000-0889/GLO. Responsable: J. Catalan. Finançament: 72.799 euros.

2002-2003. Turbulencia del agua y bacteriopláncton heterotrófico. Acción Integrada con Austria (HU2002-0011). Responsable: J. Catalan.

2002-2003. Cicle de nutrients a la conca de s'Albufera des Grau. Ajuts a la Recerca. AMAO. Ajuntament de Maó. Responsable: J. L. Pretus. 6.490,93 euros.

2002-2003. Conveni de col·laboració entre l’Agència Catalana de l’Aigua (Generalitat de Catalunya) i el Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC), per al desenvolupament d’un índex integral de qualitat ecològica i regionalització ambiental dels sistemes lacustres a Catalunya. Responsable: J. Catalan.

2002-2003. Distribució i possibles efectes del cranc de riu americà Procambarus clarki a Menorca. Consell Insular de Menorca. Responsable: J. L. Pretus. 601,14 euros.

2002-2003. Elaboració del catàleg d'himenòpters parasitoides del Parc Natural de s'Albufera des Grau. Comunitat Autònoma de les Illes Balears. Responsable: J. L. Pretus. 5.196,42 euros.

2002-2003. Estudi fenològic dels organismes aquàtics de s'Albufera des Grau. Comunitat Autònoma de les Illes Balears. Responsable: J. L. Pretus.12.018,25 euros.

2002-2003. Seguiment de la cobertura vegetal a s'Albufera des Grau. Ajuts a la Recerca AMAO. Ajuntament de Maó. Responsable: J. L. Pretus. 9.760,44 euros.

2002-2003. Signatures isotòpiques comparades de xarxes tròfiques en règim de microinsularitat. Comunitat Autònoma de les Illes Balears. Responsable: J. L. Pretus. 2.854,26 euros.

2002-2003. Viabilitat genètica de la sargantana endèmica de l'illot d’en Mel a s'Albufera des Grau. Comunitat Autònoma de les Illes Balears. Responsable: J. L. Pretus. 6.263,00 euros.

2002-2004. Diseño de una red de vigilancia de la calidad biológica del agua con diatomeas bentónicas en la cuenca del Ebro (España). Confederación Hidrográfica del Ebro. Responsable: J. Cambra i L. Hector. Finançament: 96.162 euros.

2003-2005. Flora ibérica de las algas continentales (1a fase). DGICYT. Projecte REN2002-04397-C03-02. Responsable: J. Cambra.

2000-2002. Índex per a l’avaluació de la qualitat del medi fluvial a partir de la vegetació de ribera (Agència Catalana de l'Aigua (ACA), Generalitat de Catalunya). Investigador principal: Francesc Sabater.

2002–2005. Aplicaciones de modelos hidrogeoquímicos a la problemática de las entradas difusas de nitrógeno en una cuenca mediterránea sujeta a un gradiente de alteración del territorio. (Ministerio de Ciencia y Tecnología. Programa Nacional del Plan Nacional I+D, Desarrollo e Innovación Tecnológica 2000-2003). Número del projecte: REN2001-3327. Import: 76.034,05 euros. Investigador principal: Francesc Sabater Comas.

2003-2006. Estudi paleosismològic mitjançant isòtops cosmogènics (EPIC). Finançament: Pla d’R+D+I del MCYT. Investigador principal: Pere Santanach Prat (Dept. Geodinàmica i Geofísica, UB). Altres investigadors participants: Raimon Pallàs Serra (Dept. Geodinàmica i Geofísica, UB), Eulàlia Masana Closa (Dept. Geodinàmica i Geofísica, UB), Jaume Bordonau Ibern (Dept. Geodinàmica i Geofísica, UB), Joan Manuel Vilaplana Fernàndez (Dept. Geodinàmica i Geofísica, UB), Didier L. Bourlès (CEREGE, Université d’Aix-Marseille III - CNRS), Julien Carcaillet (post-doc, CEREGE, Université d’Aix-Marseille III - CNRS).